Enredo

Dezesseis anos atrás, um ninja mascarado desencadeou uma poderosa criatura conhecida como a Raposa de Nove Caudas (Kyuubi) na Vila Oculta da Folha, matando muitas pessoas. Em resposta, o Quarto Hokage, Minato Namikaze, e sua esposa, Kushina Uzumaki, selam a Raposa em seu filho recém-nascido. Com a Bijuu selada, as coisas continuaram normais como no mangá, até que Tobi, auto-denominado Madara Uchiha, lança um genjutsu em Sakura e Naruto, o Tsukyomi Limitado. Tudo permanece normal por um breve momento, porém, ao encontrarem seus amigos, percebem que suas personalidades estão diferentes: Hinata está "assanhada" e Sasuke se tornou um " garanhão", paquerando a Sakura e outras garotas da vila. No entanto, a paz termina quando um grupo de ninjas intitulados Akatsuki, liderados por Pain, atacam a aldeia, com a intenção de executar seu plano para governar o mundo, encobrindo-o em ilusões. O filme nos traz uma realidade em que os pais de Naruto estão vivos e os de Sakura estão mortos. Personagens como Ino, Shikamaru, Kiba, Kakashi, Gai, entre outros também possuem personalidades diferentes.